Trotz des Krieges spielte die Gauliga ihr Programm durch. Noch war das Dritte Reich nicht am Ende und trotz des Hungers nach Soldaten waren die Auswirkungen der Mobilmachung noch moderat. Der 1.SV Gera wurde indes kalt erwischt. Die Geraer konnten nicht an die gute Vorstellung des Vorjahres anknüpfen. Knappe Heimsiege gegen Weida und Zeitz und der einzige Auswärtssieg beim SC Apolda reichten nur für den vorletzten Platz. Und statt der 33 Heimtore waren es dieses Mal nur elf.
Aber die Sportpolitik rettete den 1. SV. Denn im Folgejahr sollte die Gauliga Mitte wieder mit zehn Mannschaften spielen. Daher stieg in dieser Saison nur der Tabellenletzte ab – das war der SC Apolda – und drei Bezirksmeister stiegen auf. Gera blieb erstklassig.
Im Pokal kam es zum einzigen Mal zu einem Ortsderby. In der Ersten Runde der Gaugruppe Mitte/Nordmark/Niedersachsen gewann Drittligist Wacker beim Erstligisten FC Thüringen Weida mit 4:2, der 1. SV löste seine Aufgabe gegen Eintracht Altenburg souverän (5:3). In der Zweiten Runde trafen beide Geraer Vereine aufeinander und der Derbysieg ging nach Zwötzen: 1:0 Wacker. In der 3. Runde musste sich Wacker dann dem LSV (Luftwaffensportverein) Weimar-Nohra beugen, 1:2 hieß es in Gera – nach der fast schon traditionellen Verlängerung.
Für Wacker war es das letzte Achtungszeichen. Der SC gewann dieses Mal die Meisterschaft der dritthöchsten Spielklasse, sie trug mittlerweile den Namen 2. Klasse Osterland und war in zwei Staffeln (Gera und Altenburg) unterteilt. Doch zum Aufstieg kam es nicht mehr, denn mittlerweile riss der Krieg sichtbare Lücken. Eine Aufstiegsrunde der Kreismeister wurde nicht mehr ausgetragen, einen Teil der Kreismeister stufte man einfach in die höhere Liga ein, die 1941/42 in zwei Staffeln – West und Süd – spielte. Für den SC Wacker war offenbar kein Platz, er taucht in der Folgesaison nicht in der zweithöchsten Spielklasse auf.
Ergebnisse
1. SV Gera gegen
1.SV Jena: 0:1 (H), 0:3 (A)
SV Dessau 05: 1:1 (H), 1:9 (A)
FC Thüringen Weida: 2:1 (H), 2:4 (A)
FC Cricket/Viktoria Magdeburg: 4:5 (H), 0:0 (A)
VfL Halle 96: 1:1 (H), 1:2 (A)
Spvgg 1910 Zeitz 3:2 (H), 2:3 (A)
SC Apolda: 0:3 (H), 3:2 (A)
Quelle: DSFS: Fußball-Almanach – Die Gauligen, Deutschland 1933/34-1944/45

POKAL
1. Hauptrunde Gaugruppe Mitte/Nordmark/Niedersachsen
20.04.1941
FC Thüringen Weida – SC Wacker Gera 2:4
1.SV Gera – Eintracht Altenburg 5:3
2. Hauptrunde Gaugruppe Mitte/Nordmark/Niedersachsen
18.05.1941
SC Wacker Gera – 1. SV Gera 1:0
3. Hauptrunde Gaugruppe Mitte/Nordmark/Niedersachsen
08.06.1941
SC Wacker Gera – LSV Weimar-Nohra 1:2 n.V.
Quelle: Weinreich, Grüne, Deutsche Pokalgeschichte seit 1935, Agon 2000