Im Krieg wurden die Spiele um die deutsche Meisterschaft ausgesetzt, unterhalb in den Verbänden und Gauen lief der Spielbetrieb jedoch weiter. Allerdings waren die meisten Spieler „zu den Waffen geeilt“, auch beim SC Gera, der Concordia und in den anderen Thüringer Vereinen. Im ersten Kriegsjahr 1914/15 ermittelten die Gaue noch ihre Meister, zu einer mitteldeutschen Meisterschaft kam es aber nicht mehr. Über die Spiele dieser Saison gibt es so gut wie keine Informationen. Der FC Concordia gründete 1915 eine Damenabteilung. Sie hatte die Aufgabe „die Geselligkeit zu pflegen und den Kontakt mit den im Felde stehenden Vereinsmitgliedern aufrecht zu erhalten“.
1915/16 gab es wieder Spiele um die Ostthüringer Gaumeisterschaft, statt in der Liga wurden sie aber in einer Ausscheidungsrunde ausgetragen. Der SC Gera unterlag dabei dem SC 1903 Weimar mit 0:7 und verpasste so das Finale, das Weimar (gegen Saalfeld) für sich entschied. Weimar durfte damit um die mitteldeutsche Meisterschaft spielen. In der Vorrunde trafen die Weimarer in Gera (!) auf den FC Hohenzollern Naumburg und gewannen 8:2. In der Runde darauf war bei Eintracht Leipzig Endstation.
In der Saison 1916/17 gab es wieder eine Ostthüringer Gauliga, die aus vier Mannschaften bestand: Dem in 1. SV 03 Jena umbenannten FC Carl Zeiss, dem Gaumeister SC 1903 Weimar, dem SC Gera und dem FV 06 Saalfeld. Gera blieb mal wieder im unteren Mittelfeld – dritter Platz – und mit traditionell wenig Toren, die 6 Treffer übertraf selbst der Tabellenletzte aus Saalfeld.
Im letzten Kriegsjahr spielte der SC Gera dann nicht mehr mit, warum ist etwas unklar, vermutlich gab es nicht mehr ausreichend Spieler. In der Chronik der Concordia ist vermerkt, dass sämtliche Geraer Vereine eine Sportgemeinschaft bildeten, die notdürftig den Betrieb aufrechterhielt. Da hatte es vermutlich nicht mehr für die Spiele der Gaumeisterschaft gereicht. Organisatorisch ging es, denn sowohl Gaumeisterschaft als auch die „mitteldeutsche“ wurden ausgespielt. Für ein Spielerproblem spricht auch, dass der Nachrücker für den SC Gera eine Kriegssportgemeinschaft aus SC Jena 08 und VfB 1911 Jena war, die dann ihrerseits verzichten musste. Auch die anderen Teilnehmer trugen bis auf Meister Jena nicht mehr alle Spiele aus. Dennoch ist es beachtlich, was das im Spielbetrieb in dieser schweren Zeit geleistet wurde.